V roce 1920 byl vyzván, aby v Brně vybudoval kliniku ORL; byl jmenován mimořádným profesorem a prvním přednostou otorinolaryngologické kliniky na nově založené Masarykově univerzitě v Brně. Tuto kliniku vedl (s přestávkou za německé okupace) po dobu dlouhých 38 let až do roku 1958. Připomeňme, že řádným profesorem byl jmenován v roce 1927. Ve školním roce 1929/1930 vykonával funkci děkana Lékařské fakulty Masarykovy univerzity v Brně. Za dobu jeho působení bylo zřízeno na Moravě 24 primariátů ORL a řada oddělení ORL na poliklinikách. Pět z jeho žáků se stalo univerzitními profesory. Jeho klinika, na níž mj. založil foniatricko-audiologické oddělení, se jako první v republice věnovala chirurgickému léčení nedoslýchavosti. Jeho zásluhy připomíná pamětní deska ve vstupní hale Fakultní nemocnice u sv. Anny v Brně, což je uvedeno i v článku František Ninger – zakladatel moravské otorinolaryngologické školy v rubrice Slavné osobnosti na internetových stránkách Statutárního města Brna.
V době druhé světové války za německé okupace byl donucen odejít na nucený odpočinek a měl pouze soukromou praxi. Velmi obětavě a nebojácně pomáhal rodinám vězněných a popravených profesorů. Jakmile však skončila válka, byl ihned povolán zpět. V roce 1956 získal vědeckou hodnost doktora věd. I po odchodu na zasloužený odpočinek nezahálel. Ještě dva dny před svou smrtí vystupoval na celostátním sjezdu lékařů ORL v Plzni. Na zpáteční cestě se zastavil v Praze u své sestry, kde náhle zemřel v roce 1966 ve věku téměř 80 let.
Jak uvádí Svatopluk Káš ve svém článku o profesoru Františku Ningerovi, zveřejněném ve Zdravotnických novinách č. 33–34/2010, jeho specialitou byly aktuální otázky akutních nitrolebních komplikací a jejich prevence a onkologická problematika. Zasloužil se také o rozvoj lázní Luhačovice, kde vznikla velká základna pro inhalační léčbu chronických zánětů horních dýchacích cest.
Rád a hodně cestoval. V roce 1921 se oženil s Jiřinou Čenskou. Připomeňme rovněž, že v době svých gymnaziálních studií psal básně pod pseudonymem Milíč Sněžný (volný překlad z latinského „ningere“, tj. „sněžiti“). Mezi jeho velké záliby patřila také aviatika a fotografování, v němž dosáhl téměř profesionální úrovně. Jako přesvědčený český bratr čerpal sílu z myšlenek Jana Husa (1371–1415) a Jana Amose Komenského (1592–1670), o nichž často a rád přednášel.
Napsal celkem 114 odborných prací a také řadu základních monografií, z nichž za připomenutí rozhodně stojí – Speciální pathologie a therapie chorob ušních (1938), Ušní lékařství pro mediky (1946), Ušní nemoci dětského věku (1948), Nauka o nosních chorobách pro mediky (1948) či Nemoci nosohltanu, vydané v roce 1952.
Byl aktivním členem v řadě odborných vědeckých společností – mj. Spolku lékařů českých v Brně, Československé otorinolaryngologické společnosti (v ní zastával funkci místopředsedy), společnosti Collegium otolaryngologicum amititae sacrum, ale také byl třeba prvním místopředsedou Spolku Kaunicových studentských kolejí či předsedou Muzejního spolku pro uchování bratrských památek a tisků v Kralicích nad Oslavou.
Velmi se angažoval v řadě humanitních a sociálních spolků. Za všechny jmenujme alespoň Studentský zdravotní ústav, Masarykův fond pro pomoc vysokoškolským studentům, Spolek pro pomoc španělské demokracii, Zemskou péči o mládež či Výbor obránců míru. Za výsledky svých vědeckých bádání a veřejnou angažovanost získal řadu cen a vyznamenání – mj. Československou cenu míru v roce 1954, státní vyznamenání Řád práce v roce 1956 nebo Medaili Jana Evangelisty Purkyně, jež mu byla udělena ve stejném roce.
Již zmíněný Svatopluk Káš na závěr svého článku uvádí dvě humorné příhody spojené s profesorem Františkem Ningerem. Dovolím si je zde také připomenout. První je z oslavy jeho šedesátých narozenin. Profesor vstoupil do posluchárny a tam byl na tabuli krásně vyvedený obrovský realistický obraz zevního ucha a z něho jako z vázy pučel portrét pana profesora. Ninger přišel až k tabuli, prohlédl si ucho i portrét hodně zblízka, pak se otočil, usmál se a řekl: „Tak vám, studenti, moc děkuji. Ale moc by mě zajímalo, jak byste takhle namalovali kolegu gynekologa profesora Havláska“.
Druhá příhoda hovoří o tom, že po smrti slavného amerického vynálezce Thomase Alvy Edisona (1847–1931), průkopníka všestranného využití elektrické energie, v roce 1931 vyšla ve všech časopisech řada oslavných nekrologů. V jednom z nich stálo, že velký vynálezce ve stáří velmi miloval děti a pobýval rád v jejich společnosti. Brněnský otorinolaryngolog profesor Ninger měl také své zkušenosti s dětskými pacienty. Když si článek přečetl, komentoval to svým lékařům: „Nesmíme ovšem zapomínat, že Edison byl ve stáří téměř hluchý“.
